平成11年（1999年）3月末に本荘中地区から本荘北地区に移転しました。

平成12年（2000年）8月に、当時の助教授であった竹屋 元裕先生が３代教授として着任されました。

　平成15年（2003年）4月に、熊本大学大学院医学研究科と薬学研究科の統合が行われ、「熊本大学大学院医学薬学研究部」が設置されました。それに伴い当講座は、「熊本大学医学部病理学第二講座」から「熊本大学大学院医学薬学研究部 総合医薬科学部門 生体機能病態学講座 細胞病理学分野」へと名称変更を致しました。５月１５日に細胞病理学分野のホームページを開設しました。

　平成22年（2010年）1月には、これまでの医学・薬学融合の「大学院医学薬学研究部」から、医学・薬学・保健学3分野融合の「大学院生命科学研究部」へ改組されました。

　平成28年（2016年）4月に、講座名が「生体機能病態学講座」から「代謝・循環医学講座」に変更となり、正式名称が「熊本大学大学院生命科学研究部 総合医薬科学部門 代謝・循環医学講座 細胞病理学分野」となりました。

　平成30年（2018年）3月の竹屋 元裕先生（３代教授）の定年退職に伴い、同年4月から菰原准教授が研究室を統括しています。

　平成31年（2019年）4月に、「代謝・循環医学講座」が「代謝・循環医学分野」、「細胞病理学分野」が「細胞病理学講座」に変更となり、正式名称が「熊本大学大学院生命科学研究部 総合医薬科学部門 代謝・循環医学分野 細胞病理学講座」となりました。

　令和3年（2021年）3月に、菰原 義弘先生が4代教授に就任されました。